Doğum. 1967, Tokat

İlk ve ortaöğrenimini doğum yeri de olan Tokat'ta gördü. Liseyi tamamladıktan sonra Marmara Üniversitesi Atatürk Eğitim Fakültesi, Sosyal Bilgiler Eğitimi Bölümü'ne başladı. Mezun olduktan bir yıl sonra aynı bölümde araştırma görevlisi olarak çalışmaya başladı. 1997'de doktora yapan Afyoncu, 2000 yılında yardımcı doçentliğe, 2008 yılında ise doçentliğe yükseldi. 2001 yılında Fen Edebiyat Fakültesi Tarih bölümüne geçiş yaptı.

2007 yılında 24 televizyonunda Geçmiş Zaman Olur Ki adlı haftalık bir tarih programına katılmaktaydı. Halen Habertürk televizyonunda Murat Bardakçı ve Pelin Batu ile birlikte Tarihin Arka Odası adlı bir tarih programı yapmakta ve 13 Ocak 2008'den beri Bugün gazetesinde pazar günleri köşe yazısı yazmaktadır.Ayrıca ilk sayısı 30 Mayıs 2010'da çıkan 'Murat Bardakçı ile Haberturk Tarih' dergisine de pazar günleri yazmaktadır.Derginin akademik koordinasyonu görevini üstlenmiştir. Aynı zaman'da Muhteşem Yüzyıl adlı dizinin Tarih danışmanıdır.